В 1995 г. сотрудники отдела (Д.С. Асоян, Н.Н. Комедчиков, Л.В. Логинова, А.А. Лютый) приняли участие в разработке проекта концепции «Национального атласа России» (НАР), инициированного Федеральной службой геодезии и картографии России. Реализация проекта началась в 1999 г. В редколлегию атласа вошли от Института географии В.М. Котляков и А.А. Лютый, в редакционный совет – Н.Н. Комедчиков. Для первого тома НАР, опубликованного в 2005 г., сотрудниками отдела Н.Н. Комедчиковым и А.Г. Хроповым был написан ряд очерков по истории исследования и картографирования территории России Академией наук и Русским географическим обществом.
С 2004 г. началась работа над вторым томом НАР «Природа. Экология». Главным редактором тома был назначен директор Института географии, академик В.М. Котляков. Под руководством Н.Н. Комедчикова были выполнены фактически все работы по подготовке к изданию и редактированию карт и текстов трех разделов тома: «Эволюция природной среды», «Рельеф», «Снег. Лед. Мерзлота». Большую работу по редактированию и согласованию карт провела научный сотрудник отдела Л.В. Логинова.
С 2006 г. начались работы по третьему тому атласа «Население. Экономика», где заместителем главного редактора тома назначен Н.Н. Комедчиков.